Auf der Suche nach den Wurzeln des christlichen Antijudaismus landet man im Zentrum des Christentums selbst dem Neuen Testament. Unter den vier Evangelien Markus, Lukas, Matthäus und Johannes erscheinen besonders die letzteren beiden aus heutiger Sicht problematisch.
Das Matthäusevangelium, um 90 nach Christus verfasst, spiegelt einen innerfamiliären Zwist wider: Der Bruch mit dem Judentum ist, 20 Jahre nach der Zerstörung des Jerusalemer Tempels, bereits eingetreten. Die Absicht des Verfassers besteht darin, jüdische Christen in ihrem Glauben an Jesus zu bestärken. Dies geschieht in der drastischen Abgrenzung vom damaligen Judentum. In der Lebens- und Leidensgeschichte Jesu stellt Matthäus immer wieder die jüdischen Pharisäer und Schriftgelehrten als die eigentlichen Gegner des wahren Messias Jesus dar.
Fatal war etwa die Wirkungsgeschichte der Szene vor Pontius Pilatus. Als, so die Darstellung des Matthäus, der römische Statthalter Jesus (ziemlich unwillig) zur Kreuzigung freigibt, rufen die Juden: Sein Blut komme über uns und unsere Kinder! Dieses Zitat wird fortan als Selbstverfluchung interpretiert und damit zur Grundlage der Diffamierung der Juden als Gottesmörder.
Im 20 Jahre später niedergeschriebenen Johannesevangelium werden die Juden vollends zu den Anderen stilisiert. In einem Streitgespräch mit Pharisäern versteigt sich Jesus sogar zum Satz: Ihr habt den Teufel zum Vater. Für den evangelischen Oberkirchenrat Michael Bünker sind solche Zitate klar antisemitisch, für den katholischen Bibelwissenschafter Wolfgang Beilner jedoch ist diese Polemik aus den Zeitumständen heraus verständlich: Der Verfasser war selbst jüdischer Christ und kämpfte dagegen, in seinem Volk nicht mehr als Jude anerkannt zu sein. Solche, damals unter Pharisäern durchaus übliche Polemik wurde erst dann zum Gift, als es sich nicht mehr um dieselbe Familie handelte.
Schließlich Paulus. Der so genannte Apostelfürst hat Jesus nicht persönlich gekannt. Erst Jahre nach Christi Tod stößt der vormals fromme Jude Saulus zum Christentum und sozialisiert sich in der heidenchristlichen Gemeinde des Erzmärtyrers Stephanus, der wegen blasphemischer Rede von aufgebrachten Juden gesteinigt wurde. So sehr Paulus in Israel das auserwählte Volk sieht, so wenig Verständnis zeigt er dafür, dass sich die Juden nicht zu Jesus bekehren.
Daher geht der Apostel zum Gegenangriff über. Die Juden haben Jesus getötet, schreibt er an die Thessalonicher. Und anderswo: Ihr Denken wurde verhärtet. Bis heute liegt eine Hülle auf ihrem Herzen. Im gegen Ende des ersten Jahrhunderts verfassten Hebräerbrief steht der christliche Glaube bereits qualitativ über der veralteten und überlebten jüdischen Religion: Diese sei dem Untergang nahe.
Dass sich im Christentum die Schriften eines Paulus durchsetzten und nicht die Tradition der Judenchristen rund um den Jesus-Bruder Jakobus, war laut Bibeltheologen Beilner ein Gebrauchsurteil nach einem Prozess, der 300 Jahre gebraucht hat. Als der Kanonisierungsprozess um das Jahr 400 abgeschlossen war, befand sich die Kirche jedenfalls bereits in der privilegierten Position, Staatsreligion zu sein. Mit dem Schwert des Evangeliums und dem Zepter der römischen Herrschaft stand der Verfolgung der einstigen Brüder nichts mehr im Weg.